要件定義の際にアレもコレもと出てくるのは常ではありますが、やりたいことが増えた（変わった？）んだったら要件定義を延長する意味でも追加費用を出すのが筋ではないでしょうかね。
（少なくともそのベンダーでやり続けるのであれば）

勿論、サービスローンチ時期などのデッドエンドがあるシステム開発において、要求がブレたり増えたりすることで圧迫することはベンダーは常々発注側に危機感を持たせるべく促していくことが必要だと思われ、それを怠っているベンダーの進め方にも大きな問題がある気がしますが、発注側もPOINT3に留意してベンダー任せにせずに主体的に進めるべきだと思います。

費用的な面だけで言えば、プロジェクト開始前のRFPを出す時点で、要求がブレる要素をベンダーにも伝えた上で始めるのが良いかと。
そんな次元の話でもないのかな？＾＾；

よくありがちな話ではありますが、誰もこんな場面には出会いたくないですよね。。。